お仕事でJavaのクラスファイルを難読化する必要があるため、ちょっと調査。

http://www.vector.co.jp/soft/other/java/se378529.html
これは、暗号化したあと実行するツールが必要。

http://www.agtech.co.jp/products/preemptive/dasho/
難読化ツール、有償なんでどうするか未定


http://proguard.sourceforge.net/
変数、クラスなどを難読化してくれるツール。
jarを入力し、難読化したものを出力してくれる。
GUIなどあるので便利かも。